Después de leerme el documento y analizarlo detenidamente, puedo dar explicación a los fenómenos que explicas según mi punto de vista.
En primer lugar, sí que es cierto que XPA2 usa una secuencia Barker en su protocolo, concretamente usando los tonos que representan los dígitos 2 (1125hz) y 6 (1187.5hz) durante la transmisión del mensaje. El propósito de esta secuencia es, probablemente, alguna secuencia de control del módem o del descodificador usado. El descodificador Rivet, por ejemplo, se basa en estos tonos para empezar la descodificación del mensaje. Puesto que la secuencia es constante en todas las transmisiones, no contiene ningún tipo de información importante para el contenido del mensaje.
Respecto a los tonos que se oyen antes de la transmisión, lo más seguro es que se trate de tests hechos manualmente para asegurar la sintonización correcta del transmisor y que todos los componentes que se van a usar (antena, línea de audio, etc.) están listos para su uso. Estos tonos no solo pasan en XPA2, sino que es una característica común entre las estaciones de la familia. Ojo: no confundir estos tonos con los hechos por el sistema Mazielka (o X06), que se llevan a cabo entre 1 hora y 20 minutos antes del inicio de la transmisión.
Por lo que respecta a los "Late Pulses", no es más que el ruido que hace el transmisor al apagarse. El ruido, en realidad, está presente durante toda la transmisión, solo que por el control de ganancia automático, tanto del transmisor como de los receptores, no es apreciable. Además, estos pulsos se pueden apreciar en cualquier transmisión hecha en USB sin portadora de esta familia de estaciones, siempre y cuando las transmisiones se hagan desde el centro transmisor de Moscú. Esto incluye las estaciones E07, XPA y XPA2, de las cuales todas sus transmisiones regulares en la actualidad son hechas desde Moscú.
Por ejemplo, esta grabacion de una E07, y ojo porque hay un momento que se me escapa el control de ganancia y el volumen se dispara

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E07-20181003-1919z-10139usb.ogg
Ya por último, aclaro que los tests de nuevos sistemas y modos de emisión de la familia 7 rusa se llevan a cabo en frecuencias y horarios independientes (ergo transmisiones propias) y bastante más irregularmente que los sistemas actualmente en uso. Algunas de estas transmisiones, como por ejemplo, las del sistema """"XPA3""""", también tienen el ruido de fondo audible.
Espero que sirva para resolver algunas dudas.
73, qsr711